Темнокожий гражданин Молдовы Джон Оноже, эмигрировавший из Сьерра Леоне и получивший недавно гражданство Молдовы, протестовал перед зданием МИДЕИ против присутствия российских войск на территории Молдовы, когда к нему подошел Попов, и до того как выслушать протестующего, не стесняясь видеокамеры, упрекнул его в «немытости», заявив, что от Оноже «воняет».
В свою очередь, манифестант не растерялся и во всеуслышание объявил Попова расистом. Темнокожий молдаванин глубоко возмутился высказыванием вице-главы молдавской дипломатии, отказавшись пройти с Поповым в его кабинет для беседы. Сам Андрей Попов даже после того, как ему указали на его расистское поведение продолжал пенять Джону Оноже за «исходящую от него вонь», посетовав, при этом, что видеотехника не может передать этой «вони».
Данный инцидент вызвал широкий резонанс и чтобы как-то сгладить ситуацию и прояснить все вопросы, Попов был приглашен для участия в передаче одного из частных телеканалов. Однако, вместо извинений, вице-министр иностранных дел обвинил съемочную группу, заснявшую это происшествие, в искажении его слов, адресованных темнокожему молдаванину.
По словам Попова, его высказывание о том, что от Оноже «воняет» не было расистским, «а лишь личной констатацией в тот момент, в качестве ответа на неадекватное поведение собеседника после продолжительной дискуссии». Замминистра выразил уверенность в том, что «полный просмотр всей беседы и, в частности, фрагмента», предшествовавшего его реакции, «несомненно, разъяснит ситуацию», хотя в видеоматериале, размещенном съемочной группой в Интернете, Попов многократно повторяет темнокожему молдаванину, что от него «воняет», выражая сожаление, что видеокамера не может передать исходящую от протестующего «вонь» во всей полноте.
Данные высказывания Попова были расценены большинством депутатов, в том числе и его коллегами по партии, как «проявление расизма», которое «вызывает сожаление». Не смотря на это, партийный начальник Попова Мариан Лупу попытался оправдать расистские проявления своего подчиненного, попросив журналистов «не спекулировать» на эту тему. Так, Лупу заявил, что внимательно изучил данный случай и не увидел в нем «никаких обвинении в этом плане». «Не трактуйте через политическую призму определенную реакцию эстетического и гигиенического характера нашего коллеги», - добавил председатель ДПМ, защищая своего коллегу по партии.
До настоящего момента, вице-министр иностранных дел Андрей Попов не принес извинения темнокожему гражданину, обвиненному им же в «немытости».