Компания была основана в 2003 году, и за весь период существования совершила всего один рейс Кишинёв-Варшава-Кишинёв, обеспечив перелёт правительственной делегации, которую возглавлял тогдашний премьер-министр Василий Тарлев. Предприятие не обладает ни собственным парком самолётов, ни персоналом.
Инициативу ликвидации предприятия выдвинуло Министерство транспорта, к которому перешли полномочия Государственной администрации гражданской авиации, выступившей 12 лет назад учредителем ГП «Авиакомпания «Moldova».
Решение о создании авиакомпании было принято в связи с неудовлетворительным финансовым положением «Air Moldova». Впоследствии состояние «Air Moldova» стабилизировалось, и существование ГП «Авиакомпания «Moldova» оказалось нерациональным.