Прокуроры Управления «Юг» Национального центра по борьбе с коррупцией запросили в суде установить ему наказание в виде лишения свободы сроком на 6 лет и 6 месяцев, с выплатой ущерба общественным интересам в сумме 164 тыс. 800 леев и лишением права занимать руководящие должности в течении 5 лет.
Обвинения последовали после того, как он благоустроил сквер в центре Тараклии с вырубкой старых деревьев без подписи со стороны представителей Экологической инспекции.
Сергей Филипов заявил, что уголовное дело инициировано по политическому заказу. Он рассказал в интервью агентству MOLDNEWS, как на него заводили уголовное дело. «Перед тем как направить дело в суд, меня пригласили в Кишинев, в Центральный офис ДПМ на Бендерской к одному из боссов, который «вежливо попросил» выполнить несколько задач в интересах этого политформирования. Взамен было обещано – цитирую – «лишь поднять телефонную трубку и закрыть дело». После моего отказа дело было передано в суд», - заявил Филипов.
Преследование Филипова со стороны властей вызвало негодование сообщества экспертов, политологов, политиков и бывших депутатов, которые объявили, что это «акт отчаяния властей, которые пытаются сломить одного из самых честных и порядочных чиновников». Более того, жители Тараклии организовали массовые акции в поддержку примара Сергея Филипова, требуя от властей прекратить его преследование.